Trong những năm vừa qua, hoạt động hợp tác giữa hai NHTW đã được thiết lập. Tháng 7/2001, NHNN Việt Nam đã ký với NHTW Indonesia Biên bản ghi nhớ về trao đổi thông tin, nghiệp vụ ngân hàng. Thực hiện Biên bản ghi nhớ này, NHTW hai nước đã trao đổi các ấn phẩm của hai bên. Cho đến nay, NHNN đã đón 01 đoàn cấp cao của NHTW Indonesia (cấp Phó Thống đốc) sang thăm và trao đổi kinh nghiệm về lĩnh vực ngân hàng.