Ngày 18/8/2006, Thống đốc NHNN đã ký Quyết định số 1640/QĐ-NHNN ban hành Quy chế làm việc của Hội đồng Thanh toán. Quyết định này thay thế Quyết định số 49/QĐ-NH9 ngày 23/12/1995 của Thống đốc NHNN về việc ban hành Quy chế tạm thời về tổ chức và hoạt động của Hội đồng Thanh toán.
Theo Quy chế này, Hội đồng Thanh toán được thành lập theo Quyết định số 1269/QĐ-NHNN ngày 26/6/2006 của Thống đốc NHNN và có nhiệm vụ tư vấn cho Thống đốc về các vấn đề liên quan đến xây dựng, vận hành, giám sát và phát triển các hệ thống thanh toán và phương tiện thanh toán trong nền kinh tế quốc dân đảm bảo tính an toàn, hiệu quả của các hệ thống và phương tiện thanh toán.
Các nhiệm vụ chính của Hội đồng Thanh toán gồm có : Tư vấn hoàn thiện khuôn khổ pháp lý về hệ thống thanh toán, phương tiện thanh toán, bao gồm: Đề xuất dự án xây dựng, sửa đổi, bổ sung Luật, Nghị định của Chính phủ và các văn bản quy phạm pháp luật khác thuộc thẩm quyền ban hành của Ngân hàng Nhà nước về thanh toán; Tư vấn phát triển các phương tiện thanh toán và các hệ thống thanh toán trong nền kinh tế quốc dân; Tư vấn xây dựng cơ chế giám sát và bảo đảm các hệ thống thanh toán hoạt động an toàn, hiệu quả.
Hội đồng Thanh toán làm việc theo nguyên tắc tư vấn. Ý kiến tư vấn của Hội đồng Thanh toán được thảo luận tập thể và do chủ toạ cuộc họp kết luận. Người chủ toạ và kết luận tại cuộc họp Hội đồng là Chủ tịch hoặc Uỷ viên Thường trực khi được Chủ tịch uỷ nhiệm. Ngoài cách thức tổ chức họp, hội thảo, Hội đồng Thanh toán có thể lấy ý kiến tham gia bằng văn bản của các thành viên. Chê độ làm việc của Hội đồng Thanh toán theo yêu cầu công việc được quy định tại Quy chế này.
Đồng thời, Quy chế làm việc của Hội đồng Thanh toán quy định rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Chủ tịch, Uỷ viên Thường trực và Uỷ viên Hội đồng Thanh toán.
Hoàng Hà